Il est le premier Khalif après CHEIKH AKHMADOU BAMBA KHADIM RASSOUL, son père, il est né en 1886 et fit ses études coraniques auprès de son oncle maternel. Après avoir mémorisé le coran, CHEIKH MOUHAMADOU MOUSTAPHA MBACKE poursuit ses études en science religieuse chez Mame Thierno Birahim MBACKE et ses études mystiques chez son père.
Étant le premier Khalif après le décès de son père en 1927, CHEIKH MOUHAMADOU MOUSTAPHA MBACKE se propulsa dans la construction de la grande mosquée de Touba qui fut arrêté par la difficulté de l’acheminement des matériels lourds de construction pour la grande mosquée à Touba et la crise qu’avait donnée naissance la deuxième guerre mondiale. Mais ceci n’étant pas la seule cause, d’après SERIGNE ABDOU LAKHAT MBACKÉ, il n’y avait pas de puits ni de forage dans Touba. Il leur fallait, les disciples mourides, donc recueillir les eaux de pluies stagnantes dans les villes environnantes et commencer la construction qu’après la saison des pluies. Un comportement prophétique, il est un homme d’une perfection inné qui se traduit par des attitudes et des habitudes de piété, de bonne conduite morale, de dévotion, de solitude, de méditation et un comportement exécrant l’amusement, l’indécence et le péché.
Il fit le Hadj à la Mecque comme l’aurait souhaité son père, et posa la première pierre de la grande mosquée après avoir construit les rails du train qui lient Diourbel à Touba par les disciples mourides qu’il payait sous les recommandations du colon qui ne voulait pas de cette construction.
CHEIKH MOUHAMADOU MOUSTAPHA MBACKE fut un grand homme qui a su mettre les demandes de son père en exécution. Il n’assistera pas à l’inauguration de la grande mosquée en 1967. Il disparût le 13 Juillet 1945 à Touba et fut enterré auprès de son vénéré père CHEIKH AKHMADOU BAMBA KHADIM RASSOUL dans la grand mosquée de Touba.